プロジェクト開始時に、Univaersalアプリに設定していたのですが、
先行してiPhone用のStoryBoardで開発を始め、ある程度進んだ段階でiPad用UIの設計を始める事は多いと思います。
チマチマと画面にコンポーネントを配置して、ACTIONやOUTLETを設定し直すのは結構な手間ですが、以下の方法で簡単に行えます。

・Main_iPhone.StoryboardをOpenAS=>SourceCodeで開く(XML形式で開く)

・Command+Aでソースを全選択し、Command+Cでコピー

・Main_iPad.StoryBoardをOpenAS=>SourceCodeで開く(XML形式で開く)

・Command+Aでソースを全選択し、Command+Vで上書きペースト

・ソース2行目の targetRuntime=”iOS.CocoaTouch” を targetRuntime=”iOS.CocoaTouch.iPad”に書き換える

・この状態で、Main_iPad.StoryBoardを一度閉じ、再度開き直します。
(この時XML形式で開いてしまう場合は、OpenAs => InterfaceBuilder – iOS StoryBoardで開けば、GUIでStoryBoardが編集可能です。)

・コンポーネント配置や、ACTION/OUTLET設定が済んでいる状態になっているので、iPadに合わせてレイアウトを修正する。

以上です。